生信實證系列Vol.15:如何用AlphaFold2,啪,一鍵預測100+蛋白質結構
"結構就是功能"——蛋白質的工作原理和作用取決于其3D形狀。 2020年末,基于深度神經網絡的AlphaFold2,一舉破解了 …
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HFSS(High Frequency Structure Simulator)是世界上第一款商業(yè)化的3D電磁仿真軟件。由Ansoft公司在1990年開發(fā)并 …
Siemens的Calibre是業(yè)內權威的版圖驗證軟件,被各大Foundry廠廣泛認可。用戶可以直接在Virtuoso界面集成Calibre接 …
LeDock是蘇黎世大學Zhao HongTao在博士期間開發(fā)的一款分子對接軟件,專為快速準確地將小分子靈活對接到蛋白質而設 …
說起多物理場仿真,必然繞不開COMSOL Multiphysics。不局限于究竟是哪種物理場,不局限于物理場之間如何實現(xiàn)耦合 …
這是我們EDA云實證的第四期。 本期實證的主角是——Virtuoso。 半導體行業(yè)中使用范圍最廣的EDA應用之一。 1991年Vir …
MOE(Molecular Operating Environment)是加拿大化學計算集團公司Chemical Computing Group Inc.開發(fā)的一套計算 …
LS-DYNA是一個以顯式求解為主,隱式求解為輔的通用非線性動力有限元分析程序,核心是求解器。 用戶主要是高校/科 …
新思科技(Synopsys)家的VCS,在半導體行業(yè)使用率極高,背景我們就不多說了。 對經常跑EDA或其他算力密集型任務 …
在上一篇生信云實證《提速2920倍!用AutoDock Vina對接2800萬個分子》里,我們基于不同用戶策略,調用10萬核CPU資 …
“得益于速石平臺的Auto-Scale功能,我們的AutoDock Vina工作負載能夠溢出到云端進行計算,數(shù)分鐘就能完成1000+節(jié)點的并行計算。”
效率提升
成本節(jié)約
“fastone為我們提供了一個即開即用的云端研發(fā)環(huán)境,主要幫我們做到了兩件事情: 一是合理的任務拆分,二是調度了大量的云資源。最終跑完任務只用了不到一天,費用也很合理。”
本地計算周期
云端耗時
“以往CAE部門都是采用單機模式計算,算得慢是一方面,大家還都喜歡爭搶配置高的機器。速石科技的方案解決了這一問題,提升了我們的模擬性能,操作方式也不用改變。”
應用性能提升
任務文件傳輸
“分布式訓練需要大量的GPU資源,通過傳統(tǒng)渠道幾乎不可能在短時間內獲得這么多GPU,成本也非常高。通過速石平臺,我們不僅獲得了足夠數(shù)量的GPU,操作方式也非常簡單。”
新型號GPU
訓練時間
“因項目結題需要,必須在一周內完成10多個case的運算,我們實驗室的機器只有80核,這時候去租超算也來不及了,幸好速石平臺為我們快速調來了足夠的資源,配置也很貼合計算需求,而且還不用排隊。”
資源
排隊
“速石平臺幫助我們快速準確地處理與分析了大規(guī)模數(shù)據,從高頻交易到風險合規(guī)性,充分判斷了走勢、風險和盈利,這讓我們從數(shù)據中獲取了更多深刻見解。”
資源保障
資源證書
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