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CAE云實證Vol.5:怎么把需要45天的突發性Fluent仿真計算縮短到4天之內?

CFD(Computational Fluid Dynamics,計算流體動力學)是一種利用計算機來解決工程流體流動問題的方法,具體方法是數值計算,通過計算機求解流體流動過程中的質量傳遞、能量傳遞、動量傳遞以及化學反應問題,不受物理模型和實驗模型的限制,省錢省時,可以模擬真實條件和實驗中很難達到的理想條件

Fluent算得上應用最廣泛的CFD應用了。2006年5月,正式成為Ansys大家庭中的重要成員,共享先進的Ansys公共CAE技術。

數值計算方法有幾個難點:

1、很大程度上依賴于經驗與技巧;

2、數值處理方法可能導致計算結果不真實;

3、因為涉及大量數學計算,有很高的計算資源需求。隨著應用的物理建模不斷精細,數值模擬分辨率越來越高,對計算能力的要求也越來越高。

當求解問題規模越來越大,網格數上升到幾千萬甚至上億的時候,如何讓Fluent仿真任務在更短的時間迭代收斂呢?

面對永無止境的計算需求,我們主要發揮作用就在第三點上。

今天我們通過一個實證來看看具體怎么實現。

用戶需求

某高校實驗室使用Ansys Fluent進行基于化學反應模型的CFD流體仿真,因科研項目需要結題,需要在一周內完成10多個case的運算
該實驗室有80核本地資源,通常情況都是單機跑,沒有集群環境。根據以往經驗推斷,要完成這組任務需要花費至少45天才能完成。

實驗室老師也考慮過使用超算。
但一方面,超算的使用門檻比較高,且應用需要用戶配置,無法做到開箱即用,他們更習慣拖拉曳的圖形界面操作方式。
另一方面,該實驗室迫切需要能夠在短時間內使用比較大規模的算力資源,而超算沒這么快,需要等。

我們從整體規模、使用體驗、計費方式、商用門檻、更新周期、合作生態、云端支持七個角度對超算和云計算進行了全方位的對比,有興趣可以看一下《國內超算發展近40年,終于遇到了一個像樣的對手

實證目標

1、Fluent任務能否在云端有效運行?
2、fastone能夠短時間內獲取大量算力資源,大幅度縮短項目周期?
3、Fluent應用的高效率并行性是否在云端同樣適用?
4、針對擅長和不擅長編程的用戶,fastone能否提供不同的操作方式?
5、fastone平臺能否支持實時查看殘差圖?

實證參數

平臺:
fastone企業版產品

應用:
Ansys Fluent 20.20

操作系統:
CentOS 7.6

適用場景:
油/氣能量的產生和環境應用
航天和渦輪機械的應用
汽車工業的應用
熱交換應用
電子/HVAC應用
材料處理應用
建筑設計和火災研究

云端硬件配置:
Ansys Fluent一直宣稱自己支持高效率的并行計算功能,在2016年曾聯手CRAY和HLRS超算創了一項世界記錄,將Fluent擴展到超過172,000個計算機核心。
對于以有限單元法為基礎的CFD類計算,尤其是選用隱式格式和耦合算法的時候,并行計算時會將網格分成很多塊放在不同的計算節點上,在計算時每個迭代步節點之間需要進行大量的數據交換。因此,節點之間的數據通信就顯得尤為重要。

Fluent通過內置MPI并行機制來大幅度提高可擴展性,通過放大計算資源規模來最短時間給出高精度的計算結果。
而在本地或超算環境,比較有效的解決方案就是IB-Infiniband。

針對這一特性,我們分別在云端選擇了計算優化型實例和網絡加強型實例進行驗證。

調度器:
Fluent原生只支持LSF/SGE/PBS調度器,平臺通過Slurm Wrapper的方式都可以支持。
關于這一點,下次再細講。

這篇文章《億萬打工人的夢:16萬個CPU隨你用》里,我們基于這四家主流調度器:LSF/SGE/Slurm/PBS以及它們的9個演化版本進行了梳理和盤點。

技術架構圖:

fastone云計算平臺與LSF/SGE/Slurm/PBS調度器的整合技術架構圖

實證場景一
云端擴展性驗證
理想值 VS 云端計算優化型實例

結論:
1、在云端使用計算優化型實例,當所調度資源在480核及以下時,云端擴展性較好。
2、隨著核數逐漸增加,由于節點間通信開銷指數級上升,性能的提升隨著線程數增長逐漸變緩。當核數增加到960核時,計算優化型實例共耗時106.6小時,比理想耗時高16.6小時。

理想值vs云計算優化型實例

實證過程:
1、云端調度120核計算優化型實例運算一組Fluent任務,耗時721.8小時;
2、云端調度240核計算優化型實例運算一組Fluent任務,耗時362.2小時;
3、云端調度360核計算優化型實例運算一組Fluent任務,耗時242.4小時;
4、云端調度480核計算優化型實例運算一組Fluent任務,耗時183.3小時;
5、云端調度600核計算優化型實例運算一組Fluent任務,耗時152.1小時;
6、云端調度720核計算優化型實例運算一組Fluent任務,耗時130.8小時;
7、云端調度840核計算優化型實例運算一組Fluent任務,耗時117.3小時;
8、云端調度960核計算優化型實例運算一組Fluent任務,耗時106.6小時。

實證場景二
云端擴展性驗證
云端計算優化型實例 VS 云端網絡加強型實例

結論:
1、在云端使用云端網絡加強型實例,調度960核計算資源,最多可將運算一組Fluent任務的耗時從本地單機環境的45天縮短到90.6小時(3.775天),可滿足該實驗室“一周內完成”的要求;

本地計算vs云計算-960核網絡加強型實例的運算耗時

2、網絡加強型實例有效解決了Fluent任務并行計算節點間通信問題,在云上展現出了良好的線性擴展性。在相同的核數下,網絡加強型實例的線性十分接近理想值。也就是說,如果核數增加,仿真所需時間會成比例縮短。

云計算優化型實例vs云端網絡加強型實例

實證過程:
1、云端調度120核網絡加強型實例運算一組Fluent任務,耗時720.1小時;
2、云端調度240核網絡加強型實例運算一組Fluent任務,耗時360.3小時;
3、云端調度360核網絡加強型實例運算一組Fluent任務,耗時240.2小時;
4、云端調度480核網絡加強型實例運算一組Fluent任務,耗時180.2小時;
5、云端調度600核網絡加強型實例運算一組Fluent任務,耗時144.4小時;
6、云端調度720核網絡加強型實例運算一組Fluent任務,耗時121.1小時;
7、云端調度840核網絡加強型實例運算一組Fluent任務,耗時103.3小時;
8、云端調度960核網絡加強型實例運算一組Fluent任務,耗時90.6小時。

實證場景三
任務提交方法
journal標準流程化模式 VS Fluent應用圖形界面模式

我們為有編程基礎的用戶提供journal標準流程化模式,用戶可在Web瀏覽器中直接提交已編寫好的journal文件,開啟云端Fluent任務,方便快捷
而對于無編程基礎的用戶提供Fluent應用圖形界面模式,用戶可通過Web瀏覽器啟動集群,跳轉到虛擬桌面,并可在該桌面直接操作Fluent應用進行相應設置以開啟云端Fluent任務

journal標準流程化模式分為三個步驟
1、通過Web瀏覽器登錄fastone平臺;
2、在Web界面新建任務、選擇應用、配置資源;
3、在應用中選擇journal文件(即Fluent腳本文件),輸入所需資源和應用參數(如求解器精度),提交任務。

該種方式要求用戶有能力自定義journal文件,即需要用戶具有一定的編程基礎。由于該高校科研組缺乏相應編程能力,fastone為其提供了Fluent應用圖形界面提交方式。

fastone云計算平臺的Fluent應用圖形界面

Fluent應用圖形界面模式有四個步驟
1、通過Web瀏覽器登錄fastone平臺;
2、在Web界面新建集群、配置資源;
3、在已創建的集群點擊WebVNC遠程桌面圖標(同時提供WebSSH遠程命令行功能);
4、跳轉到虛擬桌面,可在該桌面直接操作Fluent應用進行相應設置以提交任務。該種方式模擬出了Fluent的原生界面,用戶更為熟悉操作環境,使用體驗較好。

通過虛擬云桌面,用戶可直接在Fluent的云原生界面做熟悉的操作

平臺還支持實時查看殘差曲線,監控計算的收斂情況。

fastone云端fluent仿真計算平臺可實時查看殘差曲線,監控計算

實證場景四
用戶模式
普通用戶模式 VS 高級用戶模式

上一個場景里的journal標準流程化模式就是通過Web瀏覽器選擇新建任務、選擇應用、上傳文件,輸入參數,配置資源等一系列向導式路徑提交任務。

對于高級用戶,比如本身對應用工作流的理解和編程能力超強,可以不用走普通用戶通過應用向導式提交的路徑,可以直接根據自己寫的腳本,通過Web瀏覽器選擇新建集群,然后按需動態地在云端創建HPC集群。

fuent云計算模式-普通用戶模式VS高級用戶模式

關于我們在云端部署自動化模式VS傳統手動模式間的巨大差異可查看:EDA云實證Vol.1:從30天到17小時,如何讓HSPICE仿真效率提升42倍?

云端部署自動化模式VS傳統手動模式的差異

關于我們的Auto-Scale功能自動監控用戶提交的任務數量和資源的需求,動態按需地開啟所需算力資源,在不夠的時候,還能根據不同的用戶策略,自動化調度本區域及其他區域的目標類型或相似類型實例資源,看這篇:生信云實證Vol.3:提速2920倍!用AutoDock Vina對接2800萬個分子

fastone云計算平臺-自動調度優先級

實證小結

1、Fluent任務能夠在云端有效運行;
2、fastone能夠快速獲取大量云端算力,大幅縮短項目周期;
3、針對Fluent應用對節點間數據通信的高要求,選擇網絡加強型實例可以在云端達到很好的高效率并行性;
4、針對不同的用戶,fastone提供多種任務提交方式以供選擇,既支持journal標準流程化模式,也支持Fluent應用圖形界面模式;
5、fastone平臺支持實時查看殘差圖;
6、高級用戶可以根據自定義腳本,直接在云端創建HPC集群。

本次CAE行業Cloud HPC實證系列Vol.5就到這里了。
在下一期的CAE云實證中,我們將利用速石平臺使LS-DYNA模擬性能得到極大提升。

未來我們還會帶給大家更多領域的用云“真香”實證,請保持關注哦!

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